氣相色譜儀重復性差大致有三方面原因：
其一：進樣墊的松緊程度對氣相色譜儀的重現性，尤其是氣相毛細管色譜柱的重現性影響較大，填充柱也會有影響。
其二：樣品溶劑對氣相色譜儀重復性也具有比較大的影響。很多時候，重復性差的原因并不在于儀器本身的性能，而是在于樣品處理環節。選擇的溶劑不合適，很大程度上，會影響到氣相色譜儀的重現性。
其三：襯管不合適與樣品汽化同樣會影響氣相色譜儀的重復性。
儀器本身性能好壞，更大程度上需要考慮使用者。包括使用者的使用方法和使用習慣。氣相色譜儀也需要維護，使用過程中很多細節上的問題都有可能影響到結果
